1.实验室管理：学校和中心制订了齐全的实验室规章制度，如《温州医科大学仪器设备管理办法》、《温州医科大学实验室档案和基本信息管理办法》、《温州医科大学实验教学中心低值品、材料、易耗品管理办法》、《温州医科大学实验教学中心损坏、丢失仪器赔偿制度》、《实验教学中心（实验室）制度管理办法》、《实验教学中心（实验室）安全运行管理办法》、《中心实验室工作条例》、《中心实验教学人员工作规程》、《中心贵重精密仪器设备管理细则》、《中心实验室安全卫生管理条例》、《学生实验守则》、《中心对学生开放管理办法》、《附属医院临床技能培训中心建设基本要求》等，中心严格按照相关制度实行管理，保证实验室正常运行。
中心人员岗位职责明确，专职实验人员实行坐班考勤制，每个实验室配有实验室工作日志并按时填写，强化了实验室日常管理。中心对仪器设备做到帐、物、卡三者相符、附件配件、资料、软件齐全。大型精密仪器和贵重仪器设备责任到人，仪器设备使用前后有登记记录，便于及时了解仪器设备的现状，保证仪器设备的完好率。学校国有资产管理处定期检查，保证仪器设备的正常高效运行，充分发挥仪器设备的作用。
2.运行模式：实验中心为校级单位，业务上隶属教务处。实验中心主任、副主任由学校直接任命。实验中心实行主任负责制，中心主任由第一临床医学院教学院长诸葛启钏兼任，学校还设置主持中心全面工作的副主任、主管实验教学和行政管理的办公室主任各一人。主任全面负责实验中心的建设、教学、科研和管理，副主任和办公室主任负责与协调各实验课程建设与改革、课程管理、教学安排等。实验中心人员实行竞争上岗、定期考核管理机制，实验中心实验教学技术岗位及辅助岗位根据有关规定按需设置。中心人员招聘工作由学校负责，人事关系由学校人事处直接管理。
3.维护维修经费：学校每年拨付专款用于仪器设备的维护和维修。每年中心的实验室耗材经费和维护维修经费共50万元，设置用于实验教学中心的正常运行和发展。经费由实验中心负责管理。目前所有的仪器设备都有专人负责，定期检查设备，每月检查一次，每个学期检修保养一次。一旦发现故障，责任人将立即与学校国资资产管理处以及厂商联系，及时进行维护、检修、校正，保证设备的正常运行。
